В 2010 году Правительством Российской Федерации принято решение о направлении дополнительных средств на модернизацию системы здравоохранения. Программа модернизации здравоохранения проводилась с 2011 по 2013 год.
В рамках оперативного исполнения мероприятий модернизации решались три задачи: укрепление материально-технической базы медицинских организаций; внедрение современных информационных систем в здравоохранение; внедрение стандартов медицинской помощи и повышение доступности амбулаторной медицинской помощи, в том числе предоставляемой врачами специалистами, профилактические осмотры.
Федеральная служба по надзору в сфере здравоохранения согласно Положению, утвержденному постановлением Правительства Российской Федерации от 30.06.2004 № 323, и в соответствии с приказами Министерства здравоохранения Российской Федерации от 22.06.2011 № 607 и от 24.04.2012 № 397 осуществляла контроль за реализацией мероприятий региональных программ модернизации здравоохранения субъектов Российской Федерации и мероприятий по модернизации государственных учреждений, оказывающих медицинскую помощь, и государственных учреждений, реализующих мероприятия по внедрению современных информационных систем в здравоохранение.
На сегодняшний день, основными направлениями контроля в рамках программы модернизации является контроль за эффективным использованием медицинского оборудования, контроль за реализацией программы модернизации здравоохранения в части мероприятий по строительству и вводу в эксплуатацию перинатальных центров, а также за итогами реализации программы модернизации здравоохранения.